Det ble hjemmetap mot Olympiakos, men sammenlagt var The Gunners best.
Med 3-1 i sekken fra bortemøtet med Olympiakos var det bare om å gjøre å kontrollere kampen hjemme på Emirates.
Etter en rolig åpning på kampen var det bare centimetere unna at Nicolas Pepe kunne sende Arsenal i føringen før halvspilt 1. omgang.
Keeper Jose Sá rykket ut, men Pepe fikk med seg ballen. Arsenal-vingen skulle bare plassere ballen i det åpne buret, men ballen gikk via beina til tidligere lagkamerat Sokratis - og like utenfor målet.
Like etterpå holdt det på å rakne motsatt vei da El-Arabi fikk hamre til mot målet til Bernd Leno. Tyskeren vartet derimot opp med den nydelig redning og sørget for at buret fremdeles var rent denne torsdagskvelden.
Og da våknet kampen til.
Pierre-Emerick Aubameyang ble regelrett vraket til lokalderbyet mot Tottenhan i helgen, men mot den regjerende seriemesteren i Hellas var kapteinen tilbake i startoppstillingen.
Spissen fikk en helt eventyrlig mulighet til å sette inn 1-0 i det 24. spilleminuttet, men klarte likevel å blåse ballen over fra rundt straffemerket.
Da roet kampen seg betraktelig til pause, og begge lag lurte nok på hvordan ingen av lagene hadde klart å score hittil.
Men det skulle endre seg i 2. omgang.
Et stygt ballmiss av Dani Ceballos tidlig etter sidebyttet gjorde at gjestene kunne kontre på Arsenal.
Ballen havnet hos El-Arabi som fikk avsluttet, via baken til Gabriel, og inn forbi Leno. En scoring helt ut av det blå, og en tung start på andre halvdel av kampen for The Gunners.
Pepe hadde en stor mulighet til å utligne ledelsen bare noen få minutter senere, men lagkamerat Emile Smith-Rowe var uheldig og stod midt i ballbanen til avslutningen. Ballen gikk derfor via unggutten og over mål.
Martin Ødegaard ble byttet inn for Ceballos for å få inn mer kreativitet fremover, og det tok ikke lang tid før nordmannen skulle bli involvert.
Først fikk han selv avslutte, som gikk himmelhøyt over. Så var det han som la til rette for avslutningsforsøk til både Pepe og Aubameyang, men ingen av dem klarte å få pirket ballen i mål. Sjansebonansa på Emirates!
Forsvarskampen ble vanskeligere for Olympiakos da Ousseynou Ba fikk to gule kort i løpet av samme situasjon, der han først felte Martinelli - og så sparket bort ballen.
Ba ble derfor sendt i garderoben 7 minutter før full tid, men Arsenal klarte ikke å utnytte overtallet og tapte derfor oppgjøret 1-0.
Likevel tar Mikel Arteta og co seg videre til kvartfinalen i Europa League, etter å ha vunnet dobbeltoppgjøret 3-2 sammenlagt.
Trekningen av kvartfinalen skjer fredag 19. mars klokken 13.00 norsk tid.
