En svak start stakk kjepper i hjulene på Arsenals mål om å komme til finalen.
Det var ventet et interessant oppgjør da Villarreal-sjef Unai Emery skulle by sin gamle arbeidsgiver opp til dans på Estadio El Madrigal.
Begge lagene ønsker seg en finalebillett til Stadion Miejski i Gdańsk, som mest trolig kommer til å bli mot Manchester United.
Arsenal har vært i semifinalen av Europa League tre ganger de siste fire årene og med seier i dobbeltoppgjøret mot Villarreal kunne de nå finalen for andre gang på like mange år.
Men starten ble helt annet enn de Mikel Arteta og Arsenal hadde håpet på.
Før fem minutter var spilt stod det allerede 1-0 på måltavla etter at Manu Trigueros banket ballen inn i lengste hjørne. Samuel Chukwueze gjorde forarbeidet og Trigueros var nådeløs fra hjørnet av 5-meteren.
Vondt ble enda verre da Raul Albiol fikk stå helt umarkert på bakerste stolpe på et hjørnespark. Forsvareren fikk en enkel jobb med å plassere inn 2-0, og kampuret viste fremdeles bare 28:55.
Like før pause fikk Dani Ceballos et gult kort av dommer Artur Soares Dias, og det skulle vise seg å bli kostbart.
Bare 11-12 minutter ut i den 2. omgangen fikk spanjolen sitt andre gule kort for kvelden. Arsenal måtte derfor fullføre kampen med 10 mann, samtidig som de måtte opp og jage en redusering.
Men gjestene fra London ble svært sårbare. Bare en solid Bernd Leno sørget for at resultatet ikke ble styggere, og tyskeren vartet opp med to svært gode redninger for å holde The Gunners inne i oppgjøret.
Drøye 20 minutter før full tid fikk Arsenal en gave av Villarreal-forsvaret da Bukayo Saka ble felt inne i 16-meteren. Etter litt betenkingstid pekte Soares Dias betemt på straffemerket.
Nicolas Pepe stod frem for å ta straffen. Selv om det ikke var hans beste avslutning, gikk ballen hardt midt i mål mens keeper Geronimo Rulli gikk til sin høyreside. 1-2 og Arsenal fikk i alle fall med seg et viktig bortemål.
Det ble mer dramatikk i kampen da tidligere Tottenham-spiller Etienne Capoue fikk sitt andre gule kort etter en stygg takling på Saka. De siste 10 minuttene skulle derfor avsluttes med bare 20 spillere på banen, men den ettertraktede utligningen kom aldri for Arsenal.
Arsenal må derfor bruke den neste uken godt. Når lagene møtes på Emirates 6. mai MÅ Arsenal vinne for å klare å ta seg videre til finalen.
Dette er nok den eneste sjansen Arsenal har igjen for å redde en ellers begredelig sesong.
Det har blitt sagt mange ganger tidligere, men nå er det alvor. Alle mann må opp i ringa.
